Masterprüfung mit Defensio, Anna Malzer

- 10.11.2021 13:30

Durchführung per Videokonferenz

10.11.2021, 12:00 Uhr
Durchführung per Videokonferenz

Titel: “Modelling of Transcription Factor Networks during the Development of Neural Stem Cells
in Vertebrate Embryogenesis”

Kurzfassung:
Die embryonale Entwicklung neuraler Stammzellen (NS) im Neuralrohr der Wirbeltiere unterliegt strengen regulatorischen Prozessen und einem präzisen Timing. Bestimmte Schritte erlauben keine Fehler bei der korrekten Steuerung der Differenzierungsereignisse von der Zygote zum erwachsenen Organismus. Um die regulatorischen Interaktionen, die im Neuralrohr während der Embryogenese stattfinden, vollständig zu verstehen, wurde ein in silico Netzwerkmodell erstellt, das die Veränderungen der Transkriptionsfaktor-Interaktionen in NS der Maus über die Zeit beschreibt. Dieses Projekt beschäftigt sich mit der Validierung dieses Transkriptionsfaktor-Netzwerkmodells: Seine syntaktische Lesbarkeit und Wartbarkeit wurde erheb-lich verbessert, ein neues Namensschema wurde entwickelt und auf den Code angewandt, und eine Anpas-sung der Modellparameter an experimentelle Daten wurde durchgeführt, ergänzt durch Testläufe zur Pa-rameteroptimierung, die verschiedene Optimierungsverfahren vergleichen. Um die Qualität des Modells zu bewerten, wurde es mit einem zweiten Satz von Mausdaten verglichen, um sicherzustellen, dass kein Over-fitting stattgefunden hat. Um die zeitliche Skalierung zwischen zwei sich unterschiedlich schnell entwickeln-den Wirbeltieren zu visualisieren, wurde das angepasste Mausmodell zusätzlich auf menschliche Daten an-gewandt. Und schließlich wurde eine Sensitivitätsanalyse durchgeführt, um die Stärke der Auswirkungen verschiedener Parameter auf die Modellausgabe zu beobachten. Zusammengenommen zeigten diese Ana-lysen, dass ein Modell von guter Qualität formuliert worden ist, das in der Lage ist, die Expression von Tran-skriptionsfaktoren in neuralen Stammzellen über die Entwicklungszeit genau vorherzusagen.

Organiser:

SPL 5

Location:
online