22.03.2022, 13:00 Uhr
Durchführung per Videokonferenz
Titel: “Evaluation and Improvement of Annotations of
Virus Orthologous Groups”
Kurzfassung:
Viren gehören zahlenmäßig zu den meist-repräsentierten biologischen Einheiten der
Erde. Dennoch sind sie nur spärlich in öffentlichen Datenbanken anzutreffen. Die Datenbank
viraler orthologer Gruppen (VOGDB) platziert entfernte homologe Virenproteine in
Gruppen, die mithilfe von Sequenzähnlichkeitssuchen zu manuell kuratierten Proteinen
in der UniProtKB/Swiss-Prot Datenbank annotiert werden. Die funktionale Homogenität
wurde durch die Präsenz einheitlich annotierter Swiss-Prot Proteine in den VOGs bestätigt.
In dieser Arbeit werden potenzielle Problematiken der Annotierung untersucht. Diese
beinhalten uninformative Funktionsbeschreibungen, Annotierungen mit nur partiell von
der Alinierung abgedeckten Proteinen, sowie Funktionsübertragungen von Proteinen zellulärer
Organismen. Ein neuer Ansatz zur Funktionsvorhersage, basierend auf der Identifikation
von manuell kuratierten Proteinen in den Gruppen, Suchstrategien für entfernte
Homologien, sowie einer Domän-basierten Annotierung wurde implementiert. Die Validität
der neuen Methodik konnte durch virale Proteine, welche in Publikationen beschrieben
sind, verifiziert werden.
Da die VOGDB in erster Linie aus Proteinen der Ordnung Caudovirales besteht, konnte
sie nicht als Ressource für universale virale Markergene herangezogen werden. Als “Hauptkapsidprotein”
oder “Terminase, große Untereinheit” beschriebene VOGs wurden als caudovirale
Markergene identifiziert.