Masterprüfung mit Defensio, Magdalena Ebinger

03.03.2022, 14:00 Uhr
Durchführung per Videokonferenz

Titel: “MADE workflow”
Micro-RNA Assignment and Detection of Editing (MADE) workflow

Kurzfassung:
Die vorliegende Masterarbeit beschäftigt sich mit der Implementierung eines wissenschaftlichen
Workows. Damit soll der Frage nach einer Kommunikation zwischen bakteriellen
Magensymbionten und deren Wirt bei vorliegender Magendarm-Entzündung
nachgegangen werden. Die zu erforschende mögliche Kommunikation wird in Form von
edierter Mikro-RNA vermutet.
Der Micro-RNA (Mikro-RNA) Assignment (Zuordnung) und Detection (Detektion)
von Editing (Edierung) (MADE) Workow wurde implementiert, um Mikro-RNA und
mögliche(s) Mikro-RNA Editing zu nden.
In einem ersten Schritt werden die Reads vom MADE Workow geltert. Basen mit
schlechter Qualität, Adaptersequenzen, Read Sequenzen, die zu lang oder zu kurz für
Mikro-RNAs sind, werden verworfen. Die übrigen Reads werden gegen ein Referenzgenom
aligniert. Da die Mikro-RNAs kurz sind werden viele der Reads gleich gut
zu mehreren Orten im Genom aligniert, wodurch die Herkunft der Read Sequenzen
unklar bleibt. Ein Problem, das inhärent für Mikro-RNAs ist. Folge dessen müssen
die Daten weiter analysiert werden. Im nächsten Schritt ordnet der MADE Workow
den alignierten Reads Mikro-RNAs zu, falls diese an Mikro-RNA Regionen aligniert
wurden. Die Regionen benden sich gesammelt in einer Annotation.
Da für den Maus Stamm, welcher in dieser Studie verwendet wurde, keine reifen Mikro-
RNAs existieren musste die Annotation der reifen Mikro-RNAs aus den Sequenzdaten
und der vorhanden pre-Mikro-RNA Annotation rekonstruiert werden. Diese Art der
Erschlieÿung von reifen Mikro-RNAs, die ich in dieser Arbeit entwickelte, wird im
MADE Workow als Islanding (Insel) Methode beschrieben.
Im Anschluss wird Editing detektiert. Da Editing mit geringer Häugkeit vorkommen
kann, werden alle vorher einer Mikro-RNA zugewiesen Reads auf Unterschiede zum
Genom untersucht. MADE Workow generiert eine Liste mit allen gefundenen Fällen
von Editing und deren jeweiligen Häugkeiten. Zudem kann der MADE Workow die
analysierten Daten visuell, die Menge der Mikro-RNA und auch die Edititing Positionen
darstellen.
Der MADE Workow wurde auf drei Datensätze angewandt. Zwei dieser Datensätze
wurden im Rahmen dieses Projekts an der Medizinischen Universität Wien generiert,
ein dritter stammt aus einer publizierten Arbeit.