20.05.2020, 09:00 Uhr
Durchführung per Videokonferenz
(Corona-Situation)
Titel: „Coarse-grained MD simulation as a tool for investigating protein-ligand interactions“
Kurzfassung:
Molecular Dynamics (MD) Simulation ist eine wichtige Methode für die Untersuchung von Moleküldynamiken. Der Nachteil an diesem Verfahren ist der hohe rechnerische Aufwand und die daraus resultierenden Einschränkungen der Größe des zu simulierenden Systems und der Länge der Simulationen. Bei Coarse- Grained MD Simulationen wird der Rechenaufwand vermindert, indem mehrere benachbarte Atome durch ein künstliches Teilchen dargestellt werden. Das MARTINI Kraftfeld ist eine beliebte und weit verbreitete Methode um Coarse- Grained MD Simulationen durchzuführen. Da bis jetzt dessen Einsatzgebiet vor allem auf die Untersuchung unspezifischer molekularer Interaktionen beschränkt war, ist das Ziel dieser Arbeit zu ergründen, ob MARTINI spezifischeres Zusammenspiel zwischen Liganden und Proteinen verlässlich darstellen kann. Simulationen von fünf verschiedene Systemen, die verschiede Proteine mit ihren jeweiligen Liganden beinhalten, wurden eingehend bezüglich ihres Verhaltens untersucht. Es konnte nachgewiesen werden, dass eine Simulierung der Systeme mit dem MARTINI Kraftfeld wichtige Informationen über den Ort der Bindungsstelle zwischen Ligand und Protein aufzeigt. Darüber hinaus konnte bestätigt werden, dass MARTINI geeignet ist, um das Verhalten von Liganden an deren Bindungsstellen zu beobachten und um essentielle chemische Eigenschaften der Liganden aufzudecken, die nötig sind, um eine gewisse Affinität zu deren Bindungspartnern zu erzielen.