31.07.2023, 14.00 Uhr

Hörsaal B
Ebene 1
Campus-Vienna-Biocenter 5
1030 Wien

Titel: „TreeShredder: A Program for Phylogenetic Analysis of
Large Sets of Trees Based on Splits“

Kurzfassung:
TreeShredder ist ein paralleles Multifunktionsprogramm für die phylogenetische
Analyse großer Gruppen von Bäumen basierend auf ihren Splits. Es bietet bewährte
Analysewerkzeuge und erweitert diese um zusätzliche, neuere Funktionen. Viele
zeitintensive Funktionen, wie das Parsen einer großen Anzahl von Newick-Tree-
Strings und das Berechnen von Transfer Bootstrap Expectation-Werten, können
parallel ausgeführt werden. Ein platz- und zeitsparendes Dateiformat zur Speicherung
und Wiederabrufung von Split- und Baum-Information, die TreeShredder-
Datei, wird vorgestellt und ihre Vorteile demonstriert. TreeShredder führt eine
Matrix-Representation-Funktion für die Supertree-Konstruktion wieder ein, die in
den letzten Jahren nicht mehr gewartet und unterst¨utzt wurde. TreeShredder bietet
Referenz- und umfangreiche Konsensus-Baum-Funktionen, einschließlich des neu
eingeführten globalen relativen Mehrheits-Konsensus-Baumes. Zusätzlich können
User acht verschiedene Split-Maße, einschließlich Häufigkeitsraten, Internode Certainty,
oder Transfer Bootstrap Expectation, aber auch die neu entwickelten Maße
der Unterstützung des besten inkompatiblen Splits und die Differenz zur Unterst
ützung des besten inkompatiblen Splits auf Referenz- und Konsensus-Bäume
projizieren. Einzigartig unter vergleichbarer Software findet TreeShredder kongruente
Bäume und berechnet Kongruenz-Maße f¨ur eine Gruppe von vollständigen
oder sogar unvollst¨andigen Splits, als auch Kongruenz-Status der Splits der Bäume.
Zusammen mit der Robinson-Foulds-Distanzen-Funktion, die Ähnlichkeiten zwischen
Baumtopologien anzeigt, wird ein neues Maß namens Split Co-Occurrence
eingeführt, das zeigt, wie oft zwei Splits gleichzeitig im selben Baum auftreten.
Platzsparende Ausgabekomprimierung bleibt ohne Laufzeiterhöhung. TreeShredder
schneidet im Vergleich mit RAxML und BOOSTER positiv ab, insbesondere, aber
nicht nur, wenn die phylogenetische Analyse von einer TreeShredder-Datei gestartet
wird. Anhand von diversen Gruppen von Bäumen, die dutzende bis tausende Taxa
groß sind, zeige ich, dass TreeShredder eine wertvolle und versatile Erweiterung des
Repertoires der phylogenetischen Analyse ist.