18.07.2023, 10:00 Uhr
STBIHörsaal B
Campus Vienna Biocenter 5
1030 Wien

Titel: „EvoNAPS: A Database for Natural Parameter Settings of
Evolutionary Models“

Kurzfassung:
Das Simulieren von Sequenzen spielt eine entscheidende Rolle in der phylogenetischen
Forschung, da es das Evaluieren von phylogenetischen Methoden oder Modellen
ermöglicht. Außerdem kann die große Menge an Daten, die f¨ür das Trainieren von sogenannten
”Machine-Learning-Algorithmen“, die immer mehr an Bedeutung gewinnen,
durch Sequenzsimulationen generiert werden. Um sicherzugehen, dass die simulierten
Sequenzen so realistisch wie möglich sind, sollten die Simulationen auf empirischen
Daten basieren.
Aus diesem Grund wurde EvoNAPS, eine Datenbank für Parameter-Einstellungen von
evolutionären Modellen und für phylogenetische Bäume, die auf empirischen Daten
basieren, entworfen und implementiert. Insgesamt wurden über 29.000 biologische
Alignments aus drei unterschiedlichen veröffentlichen Quellen gesammelt. Die Alignments
wurden mithilfe des IQ-Tree2 Programms, einer Software für phylogenetische
Inferenz, analysiert. Eine große Menge an Eckdaten und Merkmalen der analysierten
Alignments sowie der abgeleiteten Bäume und dazugehörigen Modellparametern wurde
gesammelt und in der EvoNAPS Datenbank gespeichert.
EvoNAPS enthält über 64.000 phylogenetische Bäume und die dazugehörigen geschätzten
Modellparameter. Die Datenbank bietet typischen Parameter-Einstellungen von 286
unterschiedlichen DNA und 364 unterschiedlichen Protein Modellen. Außerdem ist
die Datenbank mit verschiedenen Filteroptionen ausgestattet, die es den Nutzenden
erlauben, Alignments, Bäume und/oder Parameter-Einstellungen von evolutionären
Modellen zu finden, die den zu simulierenden Daten möglichst ähneln.
Die EvoNAPS Datenbank stellt eine nützliche Ressource für all jene dar, die an modellbasierter
Phylogenie forschen, und wird eine große Hilfestellung in zukünftigen phylogenetischen
Studien sein.